2005-06赛季,沙尔克04参加了德甲联赛,并且在这项联赛中取得了不错的成绩,他们最终以10名结束了当年的联赛。 该赛季也是他们最后一次能进入欧冠的赛季,但是在小组赛阶段,他们遭到了后来的法甲冠军索邦的淘汰,这也使得这支德国球队在近十年内首次没有能够进入欧洲杯。
但是在德甲联赛中,这支球队表现出了极大的实力,在决赛周他们以总比分4-1击败了贝尔敏,成功地夺取了2006年德国足协杯的冠军。此外,他们在德甲联赛也是取得了一个很好的成绩。最终他们以10名结束了这项联赛。
他们也取得了不错的成绩,在欧洲杯中,这支球队表现出了极大的实力。在小组赛阶段,沙尔克04遭到了后来的法甲冠军索邦的淘汰,但是在四分之一决赛,他们取得了一场2-1的胜利,并且在次轮他们也取得了一个很好的成绩,最终以总比分3-4不敌阿森纳。
2005年12月,沙尔克04宣布了球员库特·罗伊尔将于2006年夏天加入沙尔克04的消息。然而,他并没有在2006年的任何比赛中出现过。
2006年4月22日,贝尔明的前锋奥利弗·尼格斯出现在了2005-06赛季德甲联赛最后一轮中,这也是他的首次代表沙尔克04的比赛。他在这场比赛中进行了替补上场,并且取得了一球。
该赛季,沙尔克04的主教练是鲁道夫·巴尤特,他是一名德国足球教练。在2005-06赛季,他曾经率领这支球队取得了一个很好的成绩,最终以10名结束了当年的联赛。